Dall'anno scolastico 2000/2001 l'Istituto è diventato Comprensivo, in virtù del piano di razionalizzazione e del decreto sul dimensionamento delle istituzioni scolastiche. La Scuola Media Mazzini e il Circolo Didattico San Giovanni Bosco di Serracapriola e Chieuti sono stati accorpati, formando così l'Istituto Comprensivo Statale di Serracapriola e Chieuti.
Con Decreto del Dirigente del CSA di Foggia, prot. n. 9211/1 del 09/11/05, l'Istituto Comprensivo è stato intitolato a Giovanni Paolo II